Bästa bokföringsprogram för e-handel 2025 – Shopify, WooCommerce & mer

Att driva e-handel handlar om volym och snabbhet. När du säljer dygnet runt måste bokföringen för e-handel hänga med automatiskt. Att sitta och manuellt bokföra varje order från Shopify eller WooCommerce är ohållbart så fort du får mer än en handfull beställningar i veckan.

I denna guide går vi igenom vad du ska tänka på när du väljer bokföringsprogram för din webbutik, inklusive:

• Integration med Shopify, WooCommerce, Magento
• Hantering av Klarna, PayPal och Stripe
• OSS-moms för EU-försäljning
• Lagerhantering och automatiska dagsavslut

Vad ska du tänka på för e-handel?

För en e-handlare är bokföringsprogrammet inte bara en plats för kvitton – det är navet i din verksamhet. Här är de viktigaste funktionerna att leta efter:

• Webshop-integrationer: Systemet måste kunna prata direkt med din plattform (t.ex. Shopify, WooCommerce, Adobe Commerce).
• Automatisk orderimport: Varje order ska automatiskt bli en verifikation i bokföringen. Du ska inte behöva lyfta ett finger.
• OSS-hantering (One Stop Shop): Säljer du till privatpersoner i andra EU-länder för över 99 680 kr/år? Då måste systemet kunna hantera olika momssatser för olika länder.
• Betalintegrationer: Klarna, Stripe, PayPal och Swish måste synkas automatiskt. Avgifter ska bokföras separat från försäljningen.
• Lagerhantering: Om du har eget lager behöver du ett system som räknar ner lagersaldot vid försäljning och varnar vid låga nivåer.

Våra rekommendationer

1. Fortnox – Marknadsledaren för e-handel

Fortnox är utan tvekan standardvalet för seriös e-handel i Sverige. Anledningen är enkel: Ekosystemet. Det finns färdiga kopplingar till i princip alla webbshoppar, betallösningar och lagersystem.

• Bäst för: Alla som vill växa och automatisera.
• Fördel: Enormt utbud av integrationer och bra stöd för lager.
• Nackdel: Kan bli dyrt med många moduler och integrationer.

2. Visma eEkonomi (Spiris) – Stark utmanare

Visma eEkonomi (som nu börjar gå under namnet Spiris) är ett mycket kompetent alternativ. De har bra inbyggda kopplingar till de största plattformarna och ett användarvänligt gränssnitt.

• Bäst för: Små till medelstora e-handlare.
• Fördel: Ofta något enklare att komma igång med än Fortnox.
• Nackdel: Något färre nisch-integrationer än Fortnox.

3. PE Accounting – För full automation

Om du omsätter lite mer (ofta 10-20 mkr+) och vill ha en “hands-off” upplevelse är PE Accounting oslagbart. Det är en helhetslösning där systemet och byrån är samma sak.

• Bäst för: E-handlare med hög volym som vill slippa bokföra själva.
• Fördel: Allt sker i realtid, inklusive löner och banktransaktioner.
• Nackdel: Högre startkostnad och månadskostnad.

4. Bokio – För nystartade

Bokio kan fungera för den allra minsta e-handlaren tack vare integrationer med WooCommerce och Stripe.

• Bäst för: Hobbyverksamhet eller nystartad e-handel med låg volym.
• Fördel: Prisvärt och enkelt.
• Nackdel: Saknar avancerad lagerhantering och OSS-stöd kan vara begränsat.

Snabbjämförelse för e-handel

Program	Pris från	E-handelsintegrationer	Lagerhantering	OSS-stöd	Bäst för
Fortnox	199 kr/mån	⭐⭐⭐⭐⭐ (Enormt)	⭐⭐⭐⭐⭐ (Avancerat)	Ja	Seriös e-handel
Visma eEkonomi	139 kr/mån	⭐⭐⭐⭐ (Mycket bra)	⭐⭐⭐ (Grundläggande)	Ja	Start & Tillväxt
PE Accounting	Offert	⭐⭐⭐⭐ (Inbyggt)	⭐⭐⭐⭐ (Automatiserat)	Ja	Större bolag
Bokio	Gratis/Prisplan	⭐⭐ (Begränsat)	⭐ (Saknas)	Manuellt	Hobby / Nystart

Viktiga integrationer för e-handel

För att få ett sömlöst flöde behöver du ofta en “kopplingstjänst” som sitter mellan din webshop och ditt bokföringsprogram, om det inte finns en direktkoppling. Populära tjänster i Sverige är:

• Sharespine: Kopplar ihop Fortnox/Visma med Shopify/WooCommerce/Magento. Hanterar även lager och marknadsplatser (CDON, Amazon).
• Automatisera Mera: Specialister på kopplingar för Fortnox och Visma.
• Wetail: Har specifika kopplingar för WooCommerce.

Arbetsflöden som måste fungera smidigt

1. Order kommer in

• Kunden köper i webshop → Order skapas automatiskt i bokföringssystemet.
• Lagersaldo minskas automatiskt (om du har lagermodul).
• Underlag för bokföring skapas.
• Kritiskt: Detta måste ske utan manuell handpåläggning.

2. Betalning registreras (Dagsavslut)

Många e-handlare bokför inte varje order för sig, utan använder dagsavslut från betalväxeln (t.ex. Klarna eller Nets).

• Klarna skickar en utbetalningsrapport.
• Bokföringsprogrammet matchar utbetalningen mot försäljningen.
• Avgifter (Klarnas “rake”) bokförs automatiskt på eget konto (ofta 60xx).
• Kritiskt: MOMS på avgifterna måste hanteras rätt (omvänd skattskyldighet om betalväxeln sitter utomlands, t.ex. Stripe på Irland).

3. OSS och EU-försäljning

Om du säljer till privatpersoner i EU ska du oftast debitera mottagarlandets moms.

• Ditt system måste kunna identifiera att kunden är från Tyskland (19% moms) eller Danmark (25% moms).
• Dessa transaktioner ska samlas i en särskild OSS-rapport kvartalsvis.
• Fortnox och Visma har bra stöd för att tagga dessa transaktioner korrekt.

Vanliga frågor för e-handel

Hur hanteras frakt och expeditionsavgifter?

De flesta system kan bokföra frakt separat (ofta konto 35xx). Viktigt att fraktkostnad inte blandas med produktintäkt för att du ska kunna se din bruttomarginal korrekt.

Vad händer med MOMS på frakt?

Frakt inom Sverige har samma momssats som produkten. Om du säljer kläder (25%) är frakten 25%. Säljer du böcker (6%) är frakten 6%. Om ordern innehåller blandade varor fördelas momsen proportionerligt. Bra integrationer löser detta automatiskt.

Hur funkar dropshipping-bokföring?

Vid dropshipping äger du aldrig lagret.

1. Kund köper av dig (Du bokför försäljning).
2. Du beställer av leverantör (Du bokför inköp).
3. Leverantör skickar direkt till kund. Det är viktigt att hålla koll på om leverantören är inom eller utanför EU, då det påverkar tull och moms.

Behöver jag särskild lagermodul?

• Under 50 produkter: Ofta klarar du dig med webshoppens eget lagersaldo.
• Över 50 produkter eller eget lager: Ja, du bör ha en lagermodul i bokföringsprogrammet (t.ex. Fortnox Lager) för att ha koll på lagervärdet, vilket är ett krav vid bokslut.

Vanliga frågor om bokföring för e-handel

Vilket bokföringsprogram är bäst för Shopify?

Fortnox har den bästa integrationen med Shopify via kopplingstjänster som Sharespine. Ordrar synkas automatiskt och du slipper manuellt arbete. Visma eEkonomi fungerar också bra.

Hur bokför jag PayPal-försäljning?

PayPal-transaktioner bör synkas till ditt bokföringsprogram automatiskt via integration (t.ex. Fortnox + PayPal-koppling). Tänk på att PayPals avgifter ska bokföras separat som en kostnad, och att moms på avgiften hanteras med omvänd skattskyldighet då PayPal sitter i Luxemburg.

Måste jag ha OSS-registrering för min webbutik?

Om du säljer varor till privatpersoner i andra EU-länder för över 10 000 EUR (ca 99 680 kr) per år totalt, måste du antingen momsregistrera dig i varje land eller använda OSS (One Stop Shop). Med OSS rapporterar du all EU-moms via en kvartalsdeklaration till Skatteverket.

Hur hanterar jag Klarna i bokföringen?

Klarna skickar utbetalningsrapporter som ska matchas mot din försäljning. Klarnas avgift (deras provision) bokförs som en kostnad. Moderna integrationer sköter detta automatiskt. Fortnox och Visma har bra Klarna-kopplingar.

Vilket bokföringsprogram har bäst lagerhantering?

Fortnox Lager är det mest avancerade alternativet med stöd för lagerplatser, serienummer och inköpsorder. PE Accounting har också stark automation för större e-handlare.

Fungerar Bokio för e-handel?

Bokio kan fungera för mindre e-handel med låg volym. De har kopplingar till WooCommerce och Stripe. Men för seriös e-handel med hög ordervolym rekommenderar vi Fortnox eller Visma.

Hur bokför jag dropshipping?

Vid dropshipping bokför du försäljningen när kunden köper, och inköpet när du beställer från leverantören. Du äger aldrig lagret. Var noga med att hålla koll på om leverantören är inom eller utanför EU – det påverkar tull och moms.

Vad kostar bokföringsprogram för e-handel?

Räkna med 400-800 kr/mån för ett komplett e-handelspaket med integrationer. Fortnox Standard + Integrationslicens + Bankkoppling landar runt 500-600 kr/mån. Det är en investering som sparar dig timmar varje vecka.

Relaterade guider

• Fortnox recension – Marknadsledaren för e-handel
• Visma eEkonomi recension – Stark utmanare
• Jämför alla bokföringsprogram – Se alla integrationer